动物活体运输集装箱的通风系统设计是确保运输过程中动物健康与安全的关键环节。其特殊要求主要包括以下几个方面：

1. 气流均匀性：通风系统需保证集装箱内气流分布均匀，避免局部死角导致二氧化碳或氨气积聚，影响动物呼吸健康。

2. 温湿度控制：根据不同动物的生理需求，通风系统应具备调节温湿度的能力，防止高温高湿或低温干燥环境对动物造成应激。

3. 应急通风设计：在突发情况下（如设备故障），需配备备用通风装置或手动通风接口，确保紧急情况下仍能维持基本空气流通。

4. 噪音与震动控制：通风设备需低噪音运行，避免过度震动对动物造成惊吓或不适。

5. 清洁与消毒便利性：通风系统的结构设计应便于清洁和消毒，防止病原微生物滋生，保障运输卫生安全。

通过科学合理的通风系统设计，能够有效提升动物活体运输的福利水平，降低运输风险。