在全球化贸易背景下，跨境集装箱运输的"一单制"多式联运模式因其高效便捷而备受青睐。然而在实际操作中，企业往往面临诸多挑战，这些难点直接影响着物流效率和成本控制。

单证标准化程度不足是首要难题。不同运输方式、不同国家地区的单证要求存在显著差异，导致"一单制"难以真正实现统一。海运提单、铁路运单和公路运单在格式、内容和法律效力上的不一致，常常造成通关延误和额外成本。

责任划分模糊也是困扰企业的关键问题。当货物在多式联运过程中发生货损或延误时，由于涉及多个承运人和运输环节，责任认定往往陷入扯皮。特别是跨境运输中，不同法域对承运人责任的规定差异，进一步加剧了纠纷解决的复杂性。

信息化系统对接不畅严重制约着操作效率。各运输主体使用的信息系统互不兼容，数据无法实时共享，导致货物追踪困难。在需要快速响应客户查询的今天，这种信息孤岛现象直接影响客户满意度。

跨境检验检疫的差异性同样不容忽视。不同国家对集装箱货物的检验标准、检疫要求和通关流程存在较大差异，特别是对特殊品类的货物，如冷链食品或危险品，这些差异可能导致严重的运输中断。

最后，费率计算体系的复杂性增加了成本管控难度。海运、铁路、公路等不同运输方式的计费规则各异，加上跨境运输涉及的附加费项目繁多，使得企业难以准确预估和优化整体物流成本。

针对这些难点，建议企业采取以下应对策略：建立标准化的电子单证系统、明确合同中的责任条款、投资建设统一的信息平台、提前研究目的国检验要求，以及引入专业的物流成本优化服务。只有系统性地解决这些实操难题，才能真正发挥"一单制"多式联运的竞争优势。